El Real Jardín Botánico se fundó hace más de 250 años. Su historia es muy interesante y está estrechamente ligada al desarrollo y evolución de las Ciencias Naturales, y en particular de la Botánica, en España y en el mundo. 

   El 17 de octubre de 1755, Fernando VI ordenó la creación del Real Jardín Botánico de Madrid, que se instaló en la Huerta de Migas Calientes, en las inmediaciones de lo que hoy se denomina Puerta de Hierro, a orillas del río Manzanares. Contaba con más de 2000 plantas, recogidas por José Quer, botánico y cirujano, en sus numerosos viajes por la Península u obtenidas por intercambio con otros botánicos europeos.

    A partir de 1774, Carlos III dio instrucciones para su traslado al actual emplazamiento del paseo del Prado, donde se inaugura en 1781. Sabatini, arquitecto del Rey, y Juan de Villanueva al que debemos el Museo del Prado, el Observatorio Astronómico y otras obras- se hicieron cargo del proyecto.

En esos años se construyeron las tres terrazas escalonadas, se ordenaron las plantas según el método de Linneo -uno de los botánicos más importantes de la Historia- y se construyeron también la verja que rodea el Jardín, los emparrados y el invernáculo llamado Pabellón Villanueva -en el que se encuentra la cátedra donde impartió sus clases Antonio José Cavanilles.

   Desde su creación, en el Real Jardín Botánico se desarrolló la enseñanza de la Botánica, se animaron expediciones a América y al Pacífico, se encargaron los dibujos de grandes colecciones de láminas de plantas y se acopiaron importantes herbarios que sirvieron de base para describir nuevas especies para la Ciencia.

  En 1808, la Guerra de la Independencia trajo al Jardín años de abandono y tristeza, en los que son destacados los esfuerzos de Mariano de La Gasca por mantenerlo dentro de las corrientes científicas europeas.

   En 1857, siendo Mariano de la Paz Graells director del Real Jardín, se realizaron reformas importantes que aún perduran, como el invernadero que lleva su nombre y la remodelación de la terraza superior. También en época de Graells se instaló un zoológico, que doce años más tarde, siendo ya director Miguel Colmeiro, se trasladó al Jardín del Buen Retiro.

    En la década de 1880 a 1890, el Jardín sufre importantes pérdidas. En 1882 se segregan dos hectáreas para construir el edificio que actualmente ocupa el Ministerio de Agricultura, con lo que su superficie queda ya reducida a las ocho hectáreas actuales. En 1886, un ciclón derribó en su recinto 564 árboles de gran valor.

    

    En el primer tercio del siglo XX se inician con seriedad las investigaciones en el campo de la micología, y adquieren un elevado nivel las desarrolladas en el de la micromicetología.

   En 1939, el Real Jardín Botánico pasa a depender del Consejo Superior de Investigaciones Científicas.

    En 1942 es declarado Jardín Artístico.

   En 1974 fue cerrado al público para abordar profundas obras de restauración, que acabaron devolviéndola su estilo original.

   En 1981, coincidiendo con el bicentenario de su traslado, fueron inauguradas las reformas por  los Reyes de España.

   En febrero de 2005, el Real Jardín Botánico amplió su espacio expositivo en 1 ha.